Molekülvisualisierung auf Ihrem PC

Einleitung Damit Sie die 3D-Molekülmodelle und manche anderen Multimedia-Komponenten dieses Dienstes nutzen können, müssen Sie einige Hilfsprogramme installiert haben und Ihren Browser entsprechend konfigurieren. Dies ist wesentlich weniger kompliziert, als es klingt.
Plattform und Browser Die folgenden Erklärungen gehen davon aus, daß Sie einen Windows-PC als Computer und Netscape (ab Version 3.01) als Browser benutzen. Die Vorgehensweise bei anderen Plattformen und Browsern ist prinzipiell ähnlich, unterscheidet sich aber in Details. Bitte wenden Sie sich im Zweifelsfalle an Ihren Systemadministrator.

Wir haben uns große Mühe gegeben, die Daten auf diesem Server so plattformunabhängig wie möglich zu präsentieren. Sie sollten mit jedem System auf alle wesentlichen Inhalte zugreifen können.

Die Qual der WahlWir bieten Ihnen bei den meisten Modellen und ähnlichen multimedialen Komponenten eine Auswahl von Formaten an. Treffen Sie Ihre Wahl, je nachdem was Sie mit den Daten noch vorhaben und nach den bei Ihnen verfügbaren Programmen.
Java und JavaScript Am einfachsten ist die Verwendung von Java Applets zur Visualisierung, weil hierbei der gesamte Code über das Netz zu Ihrem PC kommt, ohne daß Sie etwas installieren müßten. Als Nachteil ist zu erwähnen, daß Java-Applets für die Molekülvisualisierung nicht gerade klein sind und der Umfang des Codes typische darzustellende Strukturdatein um ein bis zwei Größenordnungen übersteigt. Dies kann zum Problem werden, wenn Sie über ein langsames Modem zugreifen.

Um Java benutzen zu können, müssen Sie dessen Einsatz auf Ihrem Browser erlauben. Bei Netscape 4 (dem Communicator) ist dies zum Beispiel über den Menupunkt Edit/Preferences/Advanced einstellbar. Sie sollten sowohl Java wie auch JavaScript zulassen. Einige Textseiten auf diesem Server enthalten JavaScript-Elemente, die die Navigation verbessern. Sie bleiben allerdings auch ohne JavaScript funktionsfähig.

MIME-Kennzeichnungen Der Browser kann nicht alle Datentypen selber anzeigen. Bevor unser Server einen Text oder ein anderes Datenobjekt an Ihren Browser schickt, sendet er zuerst eine Typenkennung, den MIME-Type. Manche Typen (wie text/html für normale HTML-Textseiten) verarbeitet Ihr Browser direkt. Andere kann er weiterreichen. Dazu gibt es prinzipiell zwei Mechanismen: Externe Hilfsprogramme und Plug-Ins. Welches Programm für welchen MIME-Type zuständig ist, muß dem Browser mitgeteilt werden. Wird kein zuständiges Programm gefunden, fragt der Browser Sie, ob Sie die empfangene Datei abspeichern wollen. Sie können das Abspeichern ohne Weiterleitung auch erzwingen , indem Sie einen Link mit gedrückter Shift-Taste anwählen.
Plug-Ins und externe Viewer Dies sind die beiden Typen von Hilfsprogrammen, die Daten übernehmen und anzeigen können, die der Browser nicht selber verarbeiten kann. Externe Hilfsprogramme (wie Rasmol) sind Standardprogramme ohne besondere Netzwerkfähigkeiten, die einfach vom Browser gestartet werden, nachdem dieser die für dieses Programm bestimmte Datei empfangen hat. Ein Plug-In (wie Chime) wird dagegen integraler Bestandteil des Browsers und muß speziell für dieses Einsatzgebiet programmiert worden sein. Plug-Ins können, im Gegensatz zu externen Viewern, ihre Informationen in Fenstern anzeigen, die in HTML-Seiten eingebettet sind. Der allgemein zu beobachtende Trend geht zu Plug-Ins, die aber erst einmal geschrieben sein müssen. Für manche etablierten Formate gibt es einfach noch keine Plug-Ins.
Genug der Theorie Wir haben auf unserem Server für Sie die wichtigsten Plug-Ins und externen Viewer für Windows-Rechner mit Konfigurationsanweisungen vorbereitet. Sie brauchen die Software nur noch herunterzuladen und auf Ihrem Rechner zu installieren, falls Sie das noch nicht getan haben. Falls Ihr Betriebssystem Windows NT ist, sollten Sie die Installation vom Administrator-Account aus durchführen.

Plug-Ins aktualisieren normalerweise automatisch die Assoziation zwischen dem Programm und den vom Plug-In verstandenen MIME-Typen. Bei externen Viewern müssen Sie dies manuell nachholen. Bei Netscape 4 in der englischen Version finden Sie die Eingabefelder dafür unter dem Menupunkt Edit/Preferences/Navigator/Applications. Tragen Sie die unten aufgeführten MIME-Typen und Applikationsnamen ein.

Die Software-Auswahl deckt die in unserem Projekt enthaltenen Datentypen ein, soweit überhaupt freie PC-Software für das entsprechende Format erhältlich ist. Sie brauchen natütlich nicht alles zu installieren. Für den Anfang empfehlen wir Chime und den Cosmo Player.

RasMolRasmol ist eines der Standardprogramme zur 3D-Molekülvisualisierung. Dies ist ein externes Programm. Rasmol ist sehr schnell, kann bequem über Menus bedient werden und beherrscht die wichtigsten 3D-Visualisierungstypen. Bei der Darstellung von Proteinen aus PDB-Dateien liegen seine besonderen Stärken. Warnung: RasMol ist so sehr auf 3D-Strukturen geeicht, daß es auch ohne weiteres 2D-Dateien (z.B. MDL Molfiles) akzeptiert und als flache Scheiben in 3D darstellt. Dies ist dann natürlich keine wirkliche 3D-Struktur!

Download: rw32b2a.exe (350K) für Windows 95 und Windows NT, rw16b2a.exe (290K) für Windows 3.1. Wenn Sie die Win32S Interface-Bibliothek installiert haben, können Sie auch unter Windows 3.1 die 32-Bit Version für Windows 95 benutzen.

Installation: Das Programm in ein allgemeines Programmverzeichnis verschieben und die MIME-Tabelle des Browsers editieren.

MIME Konfiguration (u.U. rw32b2a gegen rw16b2a austauschen!)
chemical/x-pdbrw32b2a %s
chemical/x-xyzrw32b2a -xyz %s
chemical/x-mdl-molfilerw32b2a -mdl %s
chemical/x-alchemyrw32b2a -alchemy %s
chemical/x-mopacrw32b2a -mopac %s
chemical/x-sybyl2-molfilerw32b2a -mol2 %s
chemical/x-charmmrw32b2a -charmm %s

Homepage: http://www.umass.edu/microbio/rasmol/

XPMA Das XPMA-Programm ist einer der wenigen freien Viewer für den Output des an der Universität Erlangen populären SHELX-Programms zur Lösung von Strukturen in der Röntgenstrukturanalyse. Warnung: Dieses Programm ist kryptisch und entspricht nicht ganz dem Komfortstandard der anderen hier aufgelisteten Programme.

Download: xzorw.exe (1.3M)

Installation: Erzeugen Sie ein neues Directory und tragen Sie es in den allgemeinen Suchpfad für Programme ein. Verschieben Sie das heruntergeladene Programm in dieses Directory und führen Sie es aus. Es entpackt sich automatisch. Danach müssen Sie die MIME-Tabelle Ihres Browser editieren:

MIME Konfiguration
chemical/x-shelxxpma %s
chemical/x-cifxpma %s

Homepage: http://www.rzuser.uni-heidelberg.de/~v54/xpm.html

ChemScape ChimeChime ist eine von der Firma MDL durchgeführte Weiterentwicklung und Integration von Rasmol und einem JCAMP-DX Spektrenviewer als Plug-In. Die hier erhältliche Software ist die kostenlose, aber abgespeckte Version der Pro-Ausgabe. Die Pro-Ausgabe enthält neben der Visualisierungskomponente für Strukturen und Spektren noch einen Editor und andere Funktionalität für Datenbankverbindungen etc. Die Software läuft unter Windows 95 und NT. Die unterstützen Browser sind Netscape 3.04, 4.04 und MS Internet Explorer 4.01. Es kann zu Problemen mit Netscape-Versionen kommen, die unter x.04 liegen.

Download:

Neu: Chime 2.0 ch20w32.exe (2.1M)

alte Beta-Version: ch2b2w32.exe (1.6M)

Installation: Das Programm ist ein selbstextrahierendes Archiv. Einfach starten und Fragen beantworten.

Homepage: http://www.mdli.com/cgi/dynamic/product.html?uid=$uid&key=$key&id=6

ChemDraw PluginDas ChemDraw-Plugin von der Firma Cambridge Soft ist in der Funktionalität lose vergleichbar mit Chime. Dieses Programm läuft nicht unter Windows 3.1.

Download:

Neu: cdnp451.exe (1.4M)

alte Version: CDNP45WN.ZIP (2.8M)

Installation: In einem temporären Verzeichnis entzippen und das Programm setup.exe laufen lassen.

Homepage: http://store.camsoft.com/store/specials.cfm?cat=plugin&step=2

Cosmo PlayerCosmo Player ist kein chemiespezifisches Programm, sondern ein allgemein einsetzbares Plug-In für VRML 1.0 und 2.0, einem Standard für portable und möglicherweise animierte 3D-Graphik. Die hier aufliegende Version 2.0 verlangt Windows 95 oder NT 4.0. Eine ältere, aber für unser Angebot ausreichende 1.0 Version, die auch unter Windows 3.1 noch funktioniert, gibt es von der offiziellen Website.

Download: cp20setup.exe (Version 2.0) (3.1M) or cp21de32.exe (Version 2.1, downloaded 1.7.98) (3.2M)

Installation: Das Programm ist ein selbstextrahierendes Archiv. Einfach starten und Fragen beantworten.

Homepage: http://www.cai.com/acq/cosmosoftware

ChemDrawDie freie Version des Programmpakets ChemOffice der Firma Cambridge Soft mit dem Namen ChemOffice Net für Windows 95 und NT enthält unter anderem einen Moleküleditor, der SMILES-Strings zur Eingabe in unsere Struktursuchformulare erzeugen kann.

Download: cof45net.zip (7.6M)

Installation: In einem temporären Verzeichnis entzippen und das Programm setup.exe laufen lassen.

Homepage: http://www.freechem.com/

Disclaimer Die hier erhältlichen Programme und Bibliotheken sind am 1998-01-12 transferierte, unveränderte Kopien der auf den offiziellen Sites der jeweiligen Software-Hersteller erhältlichen Software. Wir können aus verständlichen Gründen keinerlei Garantie für das ordungsgemäße Funktionieren auf Ihrem Rechner oder die Virenfreiheit übernehmen oder Support in irgendwelcher Form bereitstellen. Alle Programme sind frei erhältlich und zumindest für die Anwendung in Rahmen dieses Projektes nach der nach bestem Wissen und Gewissen durchgeführten Interpretation der Benutzungsrichtlinien nicht kostenpflichtig. Zur weiteren Information verweisen wir Sie an die aufgeführten Webadressen.

Letzte Änderung: 1999-03-23
Webmaster: W. D. Ihlenfeldt, R. Höllering, N. Karg